加州大學付向東教授實名舉報上海神經所楊輝教授學術抄襲、造假;附楊輝教授回應!

2020-07-03 網絡 網絡

美國加州大學圣地亞哥分校細胞與分子醫學系付向東教授實名舉報中科院上海神經所80后明星教授楊輝學術抄襲、造假。你怎么看?

美國加州大學圣地亞哥分校細胞與分子醫學系付向東教授實名舉報中科院上海神經所80后明星教授楊輝學術抄襲、造假。你怎么看?

網傳舉報信:

尊敬的中科院、科技部、基金委領導:

我是付向東,目前就職于加州大學圣地亞哥分校、擔任細胞和分子醫學系教授。在此寫信實名舉報中科院神經所研究員楊輝剽竊和涉嫌造假等學術道德不端行為, 同時希望借這一事件懇請國家科技管理高層關注和重視當前國內學術界日益凸顯和 嚴重的科學誠信和學術道德問題,以維護中國科學界的聲譽。

事件原委:

在過去十多年間,我們團隊致力于闡析細胞命運決定關鍵因子 PTBP1 在神經發 生和神經元發育中的功能與作用機制,并于 2013 年首次報道了 PTBP1 介導的基因調 控網絡可高效轉分化非神經元細胞為神經元(詳見 Cell 152:82-86, 2013);同 時,我們還著手探索 PTBP1 調控的轉分化神經元在神經退行性疾病治療中的應用。經過 9 年多的不懈努力(包括 6 年的實驗工作,以及近 3 年審稿過程中的補充實驗 工作),我們在帕金森綜合征疾病小鼠模型中,成功地實現了一次性注射抗 PTBP1 因子就可重建帕金森綜合癥黑質紋狀體回路、完全消除帕金森綜合征癥狀 (詳見今 年6月25號《自然》,2018年11月12號投稿)。

2018 年 6 月 14 號,受蒲慕明所長特邀學術報告,我在中科院神經所報告了我 們這項未發表的、治療帕金森綜合征的研究成果,詳細介紹了此項研究工作的科學 思路、全部實驗設計和研究結果;同時,我還分享了將抗 PTBP1 因子成功應用到視 網膜疾病治療的一項合作研究工作。楊輝和神經所百余名科研人員參加了我的學術 報告。報告之后,楊輝和幾位研究員與我共進晚餐,在晚餐期間楊輝向我咨詢了許 多關于實驗細節問題。

讓我始料未及的是,楊輝在全面了解了我們的研究思路和成功的實驗結果后, 立即著手換一種實驗技術敲降 PTBP1,重復我們的研究工作,得到了相似的實驗結 果,并在短短 6 個月后便將他們的論文投稿,最終在今年的《細胞》雜志發表(4 月 8 號上線,4 月 30 號出版)。更讓人難以置信的是,在楊輝論文發表后,蒲慕明 所長領導的神經所還召開了新聞發布會,宣稱此項工作是他們研究所的“原始發現” 和“重大突破”,不知那天參加過我學術報告會的各位神經所研究員和研究生對此 該作何感想?而楊輝本人則在微信朋友圈恬不知恥地宣稱,這是他迄今最滿意、最 有成就感的一項工作!剽竊來的工作竟然也有成就感?實在是令人不齒又匪夷所思!

得知楊輝的《細胞》論文即將在線發表后,我立即聯系了蒲慕明所長,指出這篇論文剽竊了我在神經所報告的、尚未發表的工作,雖然選擇略有不同的腦區進行敲降 PTBP1,但剽竊事實一目了然。蒲慕明所長答復,如果情況屬實,楊輝的行為 屬于學術不端(scientific misconduct),應該認真調查和嚴肅處理;但他同時聲 稱楊輝的工作有可能是基于我們實驗室 2013 年發表的論文,屬于所謂“灰色地帶”。楊輝也隨即聲明他們的研究工作始于 2018 年 5 月 17-18 號,“正巧”在我去神經 所做報告之前(2018 年 6 月 14 號)。但事實上,我有證據在我去神經所學術報告 之前,楊輝居然連 PTBP1 為何物都不知道,這充分說明“研究工作始于 2018 年 5 月 17-18 號”是徹頭徹尾的謊言。隨即,我請蒲慕明所長讓楊輝提供訂購 PTBP1 相關

DNA 引物的時間及證據,這應該是開始實驗的最先步驟。然而,至今沒收到他們的 任何回復。如此簡單的證據為何拿不出來,這不做實他的謊言和剽竊行為嗎?如果 他繼續捏造假證據,事件的性質就從剽竊進一步惡化成為欺詐行為。

論文的科學數據問題:

楊輝的這篇《細胞》論文在 4 月份在線發表后,許多神經生物學領域的專家隨 即對其數據的質量和可靠性提出了一系列質疑,指出論文并沒有確鑿的證據證明誘 導新產生的神經元細胞所必經的細胞遷移、漸近的細胞形態和基因表達轉變以及新 獲得的神經電生理特性等等。通俗地說,由于沒有細胞轉分化過程的系列實驗數據 的支持,很難說他們的結論真實可靠,不能排除他們看到的陽性結果是出于實驗室 常見的實驗假象。我在閱讀他們的論文之后認為,支持他們結論的大多數所謂證據, 很有可能是由于 GFAF-Cre 在內源神經元中的泄漏表達所致,這種泄漏表達是領域中 眾所周知的現象。

神經生物學專家都知道,誘導型疾病動物模型的表型通常存在較大的差異和不 穩定性。以我們的研究為例,在進行細胞重新編程之前,首先需要建立穩定的疾病 表型動物模型,然后再誘導細胞轉分化,同時進行嚴密觀察和實時跟蹤,并留下一 組動物進行長達 2 年觀察,分析所有陽性和陰性結果,以便得到真實可靠的結論。因為這個原因,我們花了整整 9 年時間,進行了多次重復并采用多種方法反復驗證 后才完成這項研究工作。與之相反,楊輝小組在短短六個月內就完成了從課題啟動 到論文撰寫,據悉他們在 2019 年初就將研究論文提交給《自然》,但因缺乏充分實 驗證據支持論文結論而被拒稿,雖然這項工作最終在《細胞》雜志發表,但并不代 表他們數據真實可靠。他們是如何能夠在如此短時間內獲得動物實驗數據?從時間 上推論,他們甚至沒有足夠時間重復動物實驗。唯一的解釋是他們極有可能是有目 的地挑選對其有利的實驗數據,甚至還不能排除偽造實驗數據的可能性。這讓我聯 想到楊輝在博士后階段發表的“高效插入基因突變方法”研究論文(詳見 Cell 154: 1370-1379, 2013),遭到領域內科學家廣泛質疑,有 20 多個獨立實驗室聯合報道 不能重復他的實驗結果(詳見 Genome Biology 20:171, 2019)。對于其他科學家 的質疑,楊輝除了辯稱自己比別人高明,強調實驗條件略有不同外,沒有任何合理 解釋,至今我們再也沒有看到他重復自己結果的實驗證據。這里我們不禁要問,楊 輝究竟是自古英雄出少年,還是從來就是慣于剽竊,甚至有造假嫌疑的作弊高手?

就本次 PTBP1 相關的《細胞》論文工作而言,究竟他們的研究是何時開始?數 據是如何得到的?等等一系列疑問,我認為應該成立一個由神經所以外的科學家組 成的獨立調查委員會,進行嚴肅認真的調查,因為這次事件已超過了蒲慕明所長所 指的科學研究中“灰色地帶”問題。

楊輝團隊的回應:

針對付向東教授提出的幾點質疑,我的回復如下:

1. 付向東教授在神經所做的報告是采用小分子抑制劑的方法,而他們在Nature發表的論文采用的卻是shRNA和ASO的方法。連他自己在Nature文章中都沒有提及他在報告中采用的小分子抑制劑的方法。他又是如何在當時向我們透入大量的技術細節的?他報告中的方法最終證明是錯誤或不可行的,難道已經公開發表5年的位點就可以霸占,不允許其他人用新的技術來嘗試嗎?這和大佬圈地有何區別呢?

2. 根據付教授發表的文章和公布的專利(2018年4月遞交,2019年10月公開),絲毫沒有提及用基因編輯方法治療帕金森病。而且他還宣稱在我們注射的紋狀體腦區通過在星形膠質細胞內敲低Ptbp1幾乎不可能形成多巴胺神經元。而我們恰恰是在紋狀體中高效誘導出多巴胺神經元產生,進而達到治療效果。在舉報信中,他通過混淆視聽,讓大家認為我完全抄襲他的結果。

3. 付教授提到,他還分享了Ptbp1應用到視網膜疾病治療的工作,首先我確實不知道他的分享,其次,最近我們通過BioRxiv檢索,也找到2020年4月8日在線刊登的這篇文章。他們從實驗方法到動物疾病模型沒有一處一樣,更重要的是他們的目的是將穆勒膠質細胞轉分化為視錐細胞(Cone),而不是我們文章中的目的神經元視神經節細胞。兩篇文章的連實驗目的都不一樣,何來剽竊?付向東教授專利中涵蓋的疾病和方法,并沒有涵蓋任何RGC細胞的轉分化??梢娝侨绾蜗蛭彝溉脒@些技術細節。最后我想指出的是,我們Cell文章主要關注點是視神經節細胞的轉分化(7個主圖中有5個與視神經節細胞的轉分化有關)。

4. 關于我造假的言論,純屬污蔑。我2013年Cell文章已經有許多實驗室重復出我們的結果和方法,詳見下文。他為了抹黑我,連基本的科學事實都不顧,這不是一個正派的科學家做的事情。

關于本人2020年Cell文章抄襲和剽竊美國加利福尼亞大學圣迭戈分校付向東教授文章、造假的爭論
 
1. 付向東教授在神經所報告中提到的Ptbp1靶點,已經于2013年發表。
他報告中提到利用小分子抑制劑靶向Ptbp1進行體內轉分化的相關研究。但是我們認為小分子藥物既沒有強大的分子靶向特異性,又沒有足夠的細胞靶向特異性,因此我們也意識到我們擅長的基因編輯策略具有很多的優勢。RNA靶向基因編輯技術不僅可以實現細胞靶向特異性,而且在體內可以實現高效特異性編輯。難道已經公開發表5年的位點就不允許其他人用新的技術來嘗試嗎?而且在他公布的專利中并沒有涵蓋利用基因編輯技術來實現轉分化,可見他們團隊當時并不是十分了解基因編輯技術。
2. 付向東教授說向我透漏了許多實驗細節。我們希望他能提供任何支持他觀點的證據。
事實上,付向東教授在神經所做的報告是采用小分子抑制劑的方法,而他們在Nature發表的論文采用的卻是shRNA和ASO的方法。連他自己在Nature文章中都沒有提及他在報告中采用的小分子抑制劑的方法。他們又是如何在當時向我們透入大量的技術細節的?他報告中的結果最終證明是錯誤或不可行的,難道能讓所有其他人都不能嘗試他已經2013年報道的靶點嗎?這和大佬圈地有何區別呢?其次,根據付教授發表的文章和在我們文章投稿后公布的專利(公布時間:2019年10月17日),他發現在我們注射的紋狀體腦區幾乎不可能形成多巴胺神經元。而我們恰恰是在紋狀體中高效誘導出多巴胺神經元產生,進而達到治療效果。
 
事情的來龍去脈
我們實驗室從2014年至今一直致力于基因編輯技術在各個領域的應用以及安全性評價。這項工作的主要完成人為我實驗室博士后周海波,他在獲得神經科學博士學位后來到我實驗室,在神經研究方面具有非常強的背景和訓練。我們15年開始優化并測試利用基因編輯技術進行體內星形膠質細胞向神經元轉分化,并于2018年一月份將此項工作發表在Nature Neuroscience上。由于我們這篇文章中使用的基因激活元件太大,很難實現體內運輸,導致很難應用此技術進行神經元轉分化通過成體治療的方式治療神經系統疾病。但我們一直都沒有就此停止探索其他利用基因編輯技術方式進行神經元轉分化的策略。2013年付向東教授在Cell上發表的文章證明,通過shRNA敲低Ptbp1基因就可以實現各種細胞向神經元的轉分化。雖然還有少數其他通過被抑制就可以實現神經元轉分化的靶點,但它們效率都很低,這點也在付向東教授的文章中進行了比較。因此, Ptbp1可以說是目前唯一個通過敲低就可以高效實現神經元轉分化的靶點,在領域內非常著名。
 
雖然考慮通過基因編輯抑制基因表達來實現神經元轉分化,但由于當時沒有合適的基因編輯工具出現,該想法就暫時被擱置。2018年3月15日,CasRx在Cell上發表,顯示極其高效的mRNA敲低效率,并且相對于shRNA技術具有更強的特異性。同時,CasRx體系足夠小,非常適合通過AAV遞送到體內進行靶向治療。這項技術與以往的shRNA相比展現了極大的治療潛力,我們認為小分子藥物既沒有強大的分子靶向特異性,又沒有足夠細胞的靶向特異性,因此我們敏感的察覺到我們擅長的基因編輯策略具有很多的優勢。所以我們迅速跟進。我們首先針對外源性的熒光蛋白進行了測試,并于2018年5月初得到了非常好的敲低結果。其后我們又針對一個內源性的治療靶點Vegfa進行了測試,因為該靶點是被驗證過的年齡相關性黃斑變性的治療靶點,而眼睛又是我們非常擅長遞送AAV且容易檢測的系統。2018年5月,我們首先在最擅長且最容易運輸的眼睛系統中檢測CasRx是否能在體內實現高效的mRNA敲低。2018年7月初我們獲得了非常好的CasRx體內敲低數據,之后我們全面鋪開在眼睛、耳朵、肝臟和大腦中對包括Ptbp1在內的已經明確發表的治療靶點進行大量測試。
(2018年5月7號,我們首次在實驗室證明CasRx可以在細胞內靶向過表達的熒光蛋白mCherry,詳細數據請見附件一。隨后我們開始針對能夠通過敲低實現疾病治療的多個基因靶點進行了測試。)
2018年5月25日,我們拿到了通過CasRx在293T細胞內能夠高效的敲低黃斑病變的治療靶點VEGFA的數據。
2018年5月31日,我們拿到細胞內的數據,證明CasRx可以在對視網膜色素變性治療靶點Rho的點突變的RNA進行敲低。
2018年6月9日,在細胞內拿到CasRx能夠對遺傳性耳聾的治療靶點Tmc1敲低的數據。
2018年6月20日,在細胞內證明CasRx能夠對天使綜合征的治療靶點Ube3a-ATS進行敲低。
2018年6月27日,在細胞內證明CasRx能夠對脊髓性肌萎縮癥(SMA)的治療靶點SMN_AS1進行敲低。
2018年7月12日,在N2a細胞內證明CasRx能夠對帕金森綜合征的治療靶點Ptbp1進行敲低。
2018年9月15日,在小鼠的N2A細胞內證明CasRx能夠靶向黃斑病變另外一個治療靶點Hif1a。
2018年11月3日,設計了CasRx靶向一型糖尿病的治療靶點HPD。
 
附文章審稿人意見
Reviewer comments: “In particular, previous efforts of RNA-targeting CRISPR systems focused on knockdown of toxic mutant transcripts in models of mendelian inherited genetic disease, whereas this study presents the novel aspect of using these tools for in vivo therapeutic cell fate conversion, which is quite interesting and could be a broadly applicable approach.”
譯文:審稿人評論:“尤其是,以往的研究都集中在利用RNA靶向CRISPR系統來直接降低遺傳病模型中有害的突變轉錄本,而這項研究卻利用這些工具在體內進行治療性的細胞命運轉分化,從而展現一個全新的視角,這是非常有意思的,而且可以得到廣泛的應用。” 
Reviewer comments: The concept of converting already present precursor cells to neurons that are capable of integrating and extending axons is extremely valuable。
“把已經存在的前體細胞直接轉化為擁有可以整合和延伸的軸突的神經元,這個概念極其的有價值。”
付向東教授于2018年6月14日來到神經所做報告。我們了解到,付向東教授在利用小分子抑制劑靶向Ptbp1進行體內轉分化的相關研究。我們一直認為小分子藥物既沒有強大的分子靶向特異性,又沒有足夠細胞的靶向特異性,因此我們仍一直堅持我們自己原有的基因編輯策略進行體內轉分化研究。后來我們從付向東教授后來的bioRvix中得知,他們用的方法是shRNA和ASO。關于抄襲的誣告,付教授聲稱把所有技術細節都告訴我了,希望他能提供任何支持他觀點的證據。根據付教授發表的文章和公布的專利(在我們投稿后公布),他發現在我們注射的紋狀體腦區幾乎不可能形成多巴胺神經元,而我們的結論與之恰恰相反,我們是在紋狀體中高效誘導出多巴胺神經元產生,進而達到治療效果。需要指出的是付向東教授的文章通過在GFAP-Cre轉基因小鼠結合Cre-dependent的shRNA實現帕金森癥狀的治療,但是此項技術在臨床上是無法應用的。付向東教授還使用了ASO策略,但這種方法無法實現細胞靶向特異性。我們的文章,通過RNA靶向基因編輯技術不僅可以實現細胞靶向特異性,而且在帕金森小鼠模型上實現了非常好的治療效果。同時,我們的基因編輯方法可以在不同的非基因修飾疾病動物模型中進行應用,展示了強大的臨床潛力。關于穆勒膠質細胞標記的特異性低導致的誤標,我們的數據已經顯示可以實現非常特異的細胞靶向性。而且我們也非常樂意分享我們的方法以及材料,希望全世界所有感興趣的科學家進行重復。
關于在視網膜研究的指控
付教授提到,他還分享了Ptbp1應用到視網膜疾病治療的工作,我們通過BioRxiv檢索,也找到2020年4月8日在線刊登的,美國加州圣地亞哥大學的Kang Zhang與付向東教授合作的文章Visual function restoration in genetically blind mice via endogenous cellular reprogramming。 

該文章中用到的方法、小鼠模型、質粒、病毒都與我們不同。而且,他們的研究是Rd10小鼠(一種視錐細胞和視桿細胞退化的小鼠) 中進行的。最重要的是,他們的目的是將Muller細胞轉分化為視錐細胞(Cone),而不是視網膜神經節細胞。兩篇文章的連目的都不一樣,更沒有一樣的數據。
關于因GFAP-Cre可能會在RGC中表達泄露而懷疑我們做假,我認為,生物實驗最重要的是尊重實驗結果,而不是根據猜測或者 “眾所周知”而下結論。面對這個學術爭議,我立刻讓實驗室其他學生重復了這個實驗,實驗結果很好的驗證了我們結論的可靠性。這一實驗并不復雜,轉基因小鼠是常用的類型,國內外許多實驗室都可及;注射的病毒商業化的公司都可以提供,可現貨購買。小鼠和病毒準備好,只需要2-3周的時間就能驗證我們的結果是否可靠。我們文章已發表2個多月,我們歡迎所有實驗室重復我們的實驗結果并討論。
更有意思的是,付向東教授和Kang Zhang合作的文章中也用到GFAP-Cre的AAV病毒系統進行標記,并聲明能用GFAP-Cre特異性標記膠質穆勒細胞(見下圖)。而且需要指出的是,他們用的是GFAP-Cre+CMV-LSL-RFP 雙AAV病毒系統,我們用的是GFAP-Cre單AAV病毒系統注射到Ai9小鼠中。如果我也來一個“眾所周知”,雙病毒系統比單病毒系統更容易泄露,那我也有理由懷疑這篇文章中的結果存在造假的可能。我是否也可以懷疑他們要么觀察到了泄露現象而不實報道,要么沒有觀察到泄露現象而故意抹黑我們,希望他們能夠正面回應一下。
付向東教授Nature文章專利申請號WO2019200129A1,公布時間:2019年10月17日(在我們Cell文章投稿后公布)
https://patents.google.com/patent/WO2019200129A1/en?inventor=xiang-dong+fu
付向東教授Nature文章和專利中都指明在紋狀體(striatum)中幾乎不可能實現多巴胺神經元轉分化: 

 

付向東教授專利中涵蓋的疾病和方法,并沒有涵蓋視神經節細胞轉分化和基因編輯技術

來源:網上綜合整理,僅供學術交流!

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